O Museu da Inconfidência, em Ouro Preto, Minas Gerais, é criado em 1938, sob a coordenação do Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Sphan), com a finalidade de abrigar objetos e documentos relacionados aos fatos históricos da Inconfidência Mineira e a seus protagonistas, e também obras de arte ou de valor histórico, consideradas expressivas para o conhecimento da formação de Minas Gerais. O Panteão, que abriga os despojos dos inconfidentes, é inaugurado em 1942 e a inauguração do museu ocorre em 1944, em comemoração do bicentenário de nascimento do poeta Tomás Antônio Gonzaga (1744-1810), um dos inconfidentes.

Em 1935, o presidente Getúlio Vargas (1882-1954) tem a iniciativa de criar um monumento em homenagem aos personagens envolvidos na Inconfidência Mineira. O movimento, ocorrido em 1789, é considerado precursor da independência brasileira, e tem como figura principal Joaquim José da Silva Xavier (1746-1789), o Tiradentes. Apoiado em ideais nacionalistas, o presidente solicita a repatriação dos restos mortais dos inconfidentes, mortos no exílio na África. Em 1938, inicia-se o processo de reforma da antiga Casa de Câmara e Cadeia de Vila Rica, para abrigar as peças funerárias. Segundo o museólogo Rui Mourão, as idéias defendidas por Oswald de Andrade (1890-1954) e por Mário de Andrade (1893-1945), procurando valorizar a cultura colonial, são determinantes na decisão de Getúlio Vargas.

O projeto de criação do museu envolve, além do presidente, o então ministro da Educação, Gustavo Capanema (1900-1985). O edifício escolhido, na Praça Tiradentes, datado de 1785, constitui um belo exemplo da arquitetura brasileira colonial. Nele predomina a tendência clássica, que pode ser percebida no pórtico de entrada, que se sobrepõe a elementos do barroco e rococó. Na fachada pode-se notar a ênfase na geometrização e na simetria.

No acervo museológico estão presentes objetos históricos, dos séculos XVIII e XIX, relacionados a meios de transporte, decoração e utensílios do culto religioso ou de uso cotidiano. Integra seu arquivo histórico cerca de 40 mil documentos, entre os quais peças de ações judiciais do período colonial, reunidas na Casa do Pilar, prédio anexo ao Museu. O conjunto de documentos contém informações importantes sobre o contexto histórico e a vida cotidiana na região das Minas Gerais no século XVIII. Entre os documentos, destacam-se os Autos da Devassa, processos instaurados após as denúncias de conspiração em Vila Rica. Podem ser consultados desenhos atribuídos ao Aleijadinho (1730-1814), riscos ou anteprojetos de arquitetura para igrejas de Minas Gerais. O acervo abriga ainda uma coleção de manuscritos acerca da música colonial mineira.

O Museu da Inconfidência tem importante coleção de arte barroca, com oratórios, esculturas de madeira talhada e policromada, presépios e retábulos dos séculos XVIII e XIX. Entre as esculturas, destacam-se as peças atribuídas a Aleijadinho, como as várias figuras de presépio (pastores e Rei Mago) e as imagens de Nossa Senhora do Carmo e São Jorge, todas do século XVIII. Estão na coleção esculturas de pedra-sabão e imagens de roca, muito divulgadas na tradição popular (os chamados "santos de vestir"). O Museu possui ainda um acervo de pintura, com obras atribuídas a João Nepomuceno Correia e Castro (1752-1795) e ao ateliê de Manoel da Costa Athaide (1762-1830), como a Via Sacra, do século XIX. O artista, contemporâneo de Aleijadinho, é considerado um dos mais importantes pintores mineiros do período. Apresenta ainda relevante coleção de arte século XIX. Pode-se destacar, entre outras, a Vista de Vila Rica (ca.1820), realizada por Arnaud Julien Pallière (1784-1862) e a aquarela de mesmo título, de Henry Chamberlain (1796-1844). O acervo museológico compreende fotografias de panoramas e vistas da cidade de Ouro Preto no século XIX.

Integrando o Grupo de Museus e Casas Históricas de Minas Gerais, na metade da década de 1970, o Museu da Inconfidência passa à condição de museu nacional, em 1990. Em 2003, realiza-se a primeira grande reforma e restauração do edifício, reaberto em agosto de 2006. O projeto procura valorizar seu aspecto arquitetônico e seu acervo, permitindo a exposição de peças guardadas na reserva técnica. A reformulação arquitetônica e museológica é de autoria do arquiteto francês Pierre Catel, responsável, entre outros, pela organização da Casa França-Brasil, no Rio de Janeiro, e do Museu do Oratório, também em Ouro Preto.

Além da revitalização e reforma do edifício, o novo projeto museográfico passa a contemplar a formação da cidade de Ouro Preto. São criados espaços expositivos com recortes temáticos, como a Sala da Mineração, da Arte e Igreja e das Irmandades Religiosas. No grande salão é dado destaque ao mobiliário do museu, considerado pelo arquiteto Lucio Costa (1902-1998) como um dos melhores conjuntos de peças do período colonial.

No Museu da Inconfidência são desenvolvidas ainda atividades de pesquisa, educação e restauro. Entre as mostras temporárias ocorridas no local destacam-se: A Arte do Objeto, em 1984, e Ouro Preto, Imperial Cidade: 1823-1889, em 1998.