Constituído legalmente em 1970, o Museu Lasar Segall é criado com o objetivo de reunir, documentar, estudar, conservar e divulgar a obra do pintor russo, naturalizado brasileiro, Lasar Segall (1891-1957). Desde o falecimento do artista, a família se empenha na divulgação de sua produção. Em 1957, por exemplo, a 4ª Bienal Internacional de São Paulo organiza uma retrospectiva do artista com trabalhos realizados entre 1908 e 1956. No ano seguinte, uma mostra de desenhos e gravuras tem lugar na Galeria de Arte das Folhas. Entre 1958 e 1962, diversas exposições internacionais são dedicadas a ele, como na 29ª Bienal de Veneza. O trabalho de divulgação e recuperação de obras de Segall está na origem da idéia de fundação de um museu, alimentada pela família - especialmente pela viúva, a tradutora Jenny Klabin Segall (1901-1967) - e por amigos. De início uma ala da residência e ateliê do artista é adaptada para esse fim. O imóvel, parte da vila modernista projetada nos anos 1930 por Gregori Warchavchik (1896- 1972), no bairro Vila Mariana, em São Paulo, é aberto à visitação pela primeira vez em 1963. Dois anos depois, as instalações são franqueadas ao público, com funcionamento ainda precário. Em 1967, com o falecimento de dona Jenny, os filhos Maurício e Oscar prosseguem as reformas. Nesse ano, uma exposição de trabalhos de Segall marca simbolicamente a inauguração do museu, que se constitui pela criação da Associação Museu Lasar Segall, em 27 de fevereiro de 1970. Em 1973, é definitivamente aberto com horários regulares.

Ainda que a motivação da instituição seja a obra de Segall, o espírito que anima o museu, desde a criação, é outro, de acordo com Maurício Segall: "Tomou-se a decisão de não criá-lo sob a forma de um museu monográfico sobre o artista, mas sim na forma de uma dinâmica e eclética casa de cultura". O regimento interno do museu, aprovado em 1988, reafirma a proposta de organização de um centro interdisciplinar de atividades culturais. Além da biblioteca especializada em cinema, teatro e televisão e um auditório, abriga, desde os anos 1970, um laboratório fotográfico, oficinas de gravura, redação e um coral. Funcionando no período de ditadura militar no Brasil, o Museu Lasar Segall aparece nos depoimentos dos criadores e participantes da iniciativa como um espaço de resistência, pela veiculação de obras de cunho social e crítico - por exemplo, os ciclos de cinema dedicados ao cinema russo e ao neo-realismo italiano - e da realização de um trabalho educativo voltado a um público mais amplo. Atividades dirigidas à população do bairro, às escolas e bibliotecas públicas da região, aos funcionários de empresas locais e a grupos do Sindicato dos Metalúrgicos do ABC, da Casa do Pequeno Trabalhador e da Febem traduzem um intuito didático e formador. As oficinas e os ateliês, por sua vez, colocam o acento das iniciativas no trabalho de sensibilização artística, de acordo com a função formadora e multiplicadora defendida pelo colegiado que dirige o museu nos primeiros tempos (Maurício Segall, Sérgio Muniz, Francisco Ramalho e Hugo Gama). Hélio Cabral, Hugo Gama, Eva Furnari (1948), Silvio Dworecki (1949), José Antonio Pasta Jr., Luís Paulo Pires de Lima, Sérgio Muniz, Marco Antonio da Silva Ramos são alguns dos responsáveis por suas atividades artístico-culturais nos anos de 1970 e 1980.

O acervo, veiculado em diversas exposições desde a inauguração, é formado por 2.183 obras originais de Lasar Segall, entre óleos, esculturas, gravuras, desenhos, aquarelas e matrizes. Essa produção permite acompanhar as diversas etapas do percurso do artista. Há obras representativas da chamada fase expressionista, por exemplo, Aldeia Russa, 1912, e Eternos Caminhantes, 1919, e da fase brasileira, Menino com Lagartixas, 1924, bem como trabalhos que integram as primeiras exposições de Segall em São Paulo, em 1913, como Figura de Homem com Violino, ca.1909. Diversas naturezas-mortas como, por exemplo, Natureza-Morta com Três Vasos de Cactos, 1929; cenas familiares, Família do Pintor, 1931; quadros sobre a guerra, Pogrom, 1937; o grande painel Navio de Emigrantes, 1939/1941; e as paisagens de Campos de Jordão da década de 1950 são algumas das pinturas a óleo pertencentes ao acervo.

Aquarelas, guaches e pastéis compõem uma parte do conjunto, entre eles Asilo de Velhos, ca.1909 - também presente na exposição paulista de 1913 -, Refugiados, 1922, Maternidade, 1922, e Família, 1922. Os desenhos estão em 1.673 trabalhos, entre paisagens, retratos e nus. As 386 gravuras dialogam com as demais faces da obra, por exemplo, Terceira Classe, 1928, que tem elementos retomados em Navio de Emigrantes. Desse conjunto, destaca-se a célebre série sobre o Mangue, antigo bairro de prostituição do Rio de Janeiro, 1927-1929. Sessenta e sete esculturas (relevos, cabeças, grupos e figuras femininas em bronze e materiais diversos), algumas peças de mobiliário por ele criadas - poltrona e mesa de centro, ambas de 1932 -, além de livros, fotografias e documentos de natureza variada (textos, traduções, catálogos e correspondências), completam o acervo.

Funcionando hoje numa área total de 1.400 metros quadrados, no cruzamento das ruas Afonso Celso e Berta, em conjunto reformado de três casas da vila de Warchavchik, o Museu Lasar Segall mantém um ar de ateliê e residência. Em virtude de seu crescimento e das dificuldades financeiras para a manutenção do acervo e demais atividades, em 1985 a instituição é incorporada à antiga Fundação Pró-Memória, hoje Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan) do Ministério da Cultura (MinC). A criação da Associação Cultural dos Amigos do Museu Lasar Segall, em 1988, é mais uma tentativa de apoio às atividades da instituição.