Configura-se como uma instituição que mescla perspectivas etnográficas e artísticas voltada para a promoção e preservação do patrimônio material e cultural de povos indígenas brasileiros e pesquisa ligada à Fundação Nacional do Índio (FUNAI).

Seu acervo conta com quase dezoito mil peças etnográficas além de vasta reunião de documentos nacionais e estrangeiros de foco etnográfico bem como uma diversa divisão audiovisual, com trabalhos em áudio, vídeo e fotografia em sua maioria de produção indígena.

Esses materiais são de acesso público por diferentes formas de divulgação como exposições e a Biblioteca Marechal Rondon, além de oficinas e grupos de pesquisa que dedicam-se ao mapeamento e apresentação do acervo.

Dentro casarão central, uma construção em estilo neoclássico que data de meados de 1880 e que abriga o museu desde de 1978 e que funciona como espaço expositivo e de atividades, o museu conta ainda com três reservas técnicas destinadas ao acondicionamento imagético e textual e conta ainda com um auditório, uma galeria de arte e os espaços externos da varanda, jardim e do muro do museu, que também abriga exposições.

Outra frente importante no museu é a pesquisa em línguas indígenas promovidas pelo  Programa de Documentação de Línguas e Culturas Indígenas (PROGDOC), que é dividido em dois principais projetos:  Projeto de Documentação de Culturas Indígenas (PRODOCULT) e Projeto de Documentação de Línguas Indígenas (PRODOCLIN), pensados em parceria com povos indígenas para que eles possam documentar e preservar sua línguas. Além da pesquisa em arte índigena do programa Índio e Arte, que visa a valorização do trabalho de artesãos.

Importante instituição, o Museu do Índio atua na pesquisa, preservação e divulgação das diferentes culturas indígenas do Brasil permitindo acesso público a este vasto conhecimento atuando em diferentes atividades e projetos.